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Mer, Mag

Come sconfiggere il Coronavirus senza essere uno scienziato

Tecnologia
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Alzi la mano chi da piccolo non ha sognato di fare qualche scoperta scientifica per il bene dell’umanità, magari sconfiggendo il cancro o altre malattie.

Alcuni hanno seguito il percorso scolastico e accademico che li ha portati a una professione nel campo della scienza, molti altri hanno preso strade diverse, ma in questo periodo riemerge quell’aspirazione a fare qualcosa di utile per cancellare dalle nostre vite il COVID-19. Incominciare ora una carriera nella biologia molecolare, anche in giovane età, richiederebbe diversi anni d’impegno, e la prospettiva si sposterebbe alla prossima pandemia. Rimangono quindi le donazioni ai diversi enti coinvolti, agli ospedali, o un pasto agli operatori sanitari della propria città, ma se c’è uno spiraglio per far sì che la propria attività contribuisca alla ricerca avanzata è il calcolo distribuito.

Dovete sapere che se si vogliono analizzare e modellare i dati di fenomeni complessi a livello microscopico (dinamiche molecolari, assemblaggio di proteine, progettazione di farmaci), e comprenderne o prevederne i meccanismi, da decenni non c'è altra strada che quella dei supercomputer: grandi e costosi sistemi di elaboratori utilizzati da università e centri di ricerca per aiutare i ricercatori a risolvere quantità enormi di calcoli nel più breve tempo possibile. Per permettere a tanti appassionati di contribuire al progresso della scienza mettendo a disposizione le proprie risorse informatiche sono sorti negli ultimi anni alcuni progetti che facilitano l'intervento delle persone dotate di un semplice computer.

Tutto è iniziato con SETI@home, iniziativa pensata per la ricerca di intelligenze extraterrestri, e si è arrivati tra diversi altri a Folding@home: all'università di Stanford, al laboratorio Pande, hanno avuto l'idea di sfruttare i tempi di minore attività delle console da gioco Playstation dei volontari per elaborare piccoli pacchetti di dati scaricati di volta in volta, e farseli rispedire una volta completati i calcoli. La possibilità di partecipare anche con processore e scheda video del proprio PC ha aumentato i partecipanti, anche grazie a un sistema di punteggio e una classifica costantemente aggiornata ad incoraggiarne competitività e coinvolgimento. 

 In 20 anni di attività i partecipanti sono aumentati progressivamente, e hanno permesso di ottenere risultati eclatanti in centinaia di ricerche (vedi). La specialità dei calcoli di Folding@home è la modellazione statistica del ripiegamento (folding) delle proteine. Le proteine, elementi fondamentali perchè le cellule del corpo umano possano svolgere differenti funzioni e vere e proprie “nanomacchine” del nostro corpo, sono formate da catene di amminoacidi che si ripiegano su stesse, ognuna con una caratteristica forma a cui tende in virtù delle caratteristiche dei propri costituenti. La configurazione tridimensionale e come la raggiungono è essenziale per definirne interazioni e scopo: comprendere il funzionamento o il malfunzionamento di questi processi sarà fondamentale per arrivare a una cura di molte malattie tra cui Alzheimer, Huntington, Parkinson, diverse forme di cancro oltre, ultimamente, al Coronavirus.

 Come funziona questo strumento che ci permette di contribuire in maniera efficace alla scoperta dei meccanismi interni delle nostre proteine? Si tratta di installare un piccolo programma (client) sul proprio computer, scaricandolo da questo indirizzo: https://foldingathome.org/start-folding/

 La procedura di installazione è abbastanza standard, quindi con una certa sicurezza si possono confermare le richieste durante l’avanzamento, comprese quelle relative allo sblocco del firewall per l’applicazione, che ad ogni pacchetto di dati elaborato dovrà spedirlo e scaricarne uno nuovo di qualche megabyte. Sono disponibili guide passo passo a questo indirizzo: https://foldingathome.org/support/faq/installation-guides/

Su tutte le piattaforme si arriverà alla schermata qui sopra, che richiederà di impostare un’identità o di lavorare anonimi. Consiglio di identificarsi per poter confrontare i propri risultati con il resto dei partecipanti e perchè i propri pacchetti non vengano confusi con quelli di altri, iscrivendosi qui: https://foldingathome.org/support/faq/points/passkey/ Nella schermata seguente dovrete inserire il vostro nome utente (a vostro piacimento), la vostra Passkey e il nome del vostro team, se ne avete uno. 

Se volete partecipare al team Scompaginati (il nostro numero è 258840), vi accoglieremmo a braccia aperte. Siamo un gruppo di appassionati di lettura provenienti da Trieste e abbiamo deciso di collaborare in questo nobile intento senza imporci traguardi ambiziosi, solo per il gusto di contribuire all’interesse comune. 

Una volta installato, il client vi proporrà di lavorare sotto traccia mentre anche voi siete operativi alla tastiera, oppure di partire come salvaschermo. A voi la scelta, come per le risorse impiegate: con un’impostazione light si attiverà solo il processore (cpu), a bassi regimi, mentre su medium anche la scheda grafica (gpu) parteciperà all’elaborazione, insieme a una cpu decisamente più coinvolta e, grazie proprio all’attività della scheda grafica, a risultati decisamente più generosi in termini di punti. Potete scegliere anche se lasciare la scelta al programma o dedicare a un progetto specifico l’attività, dall’ultima versione del software è possibile specificare il COVID-19. In qualche caso capiterà che i pacchetti scaricati non appartengano al progetto scelto, ma si tratta in ogni caso di progetti di ricerca su malattie importante. 

Potrete accedere ai controlli avanzati dall’icona sulla barra in basso a destra dello schermo (su Windows), oltre che alle statistiche (anche disponibili da browser su https://client.foldingathome.org/) per confrontare i risultati con altri partecipanti e i componenti del vostro team. Se siete ancora scettici per qualche motivo, sappiate che i progetti all’interno di Folding@home sono gestiti da diverse università americane ed europee, i dati vengono diffusi liberamente agli enti richiedenti e dai dati non vengono generati ricavi, potete leggerlo direttamente da: https://foldingathome.org/support/faq/project-details/ Esiste anche un progetto simile dell’università di Washington, Rosetta@home, se volete approfondire andate qui: https://boinc.bakerlab.org/